Este centro de población existió desde la época prehispánica, y de acuerdo con la Relación de Michoacán, se supone fue sometido al gran señorío tarasco por los sucesores del gran Tariácuri, pues aparece como pueblo conquistado por el triunvirato que estaba al frente de ese señorió e integrado por Irepan, Hiquingare y Tanganxoán.
Después de consumada la conquista española, el pueblo de Jungapeo, formó parte del extenso territorio entregado en encomienda a Don Juan Velázquez y años más tarde, se integró a los dominios de la poderosa familia de los condes de Miravalles, quienes solventaron económicamente la construcción de la parroquia del pueblo.
En el período de lucha por la independencia, cerca de este lugar las fuerzas insurgentes al mando de los hermanos López Rayón, edificaron una fortaleza en el Cerro de Cóporo para refugiarse después de la derrota de Zitácuaro.
Perteneció a Tuxpan, de acuerdo con la Ley Territorial del 10 de diciembre de 1831. El Congreso del Estado, el 10 de abril de 1868 decretó la creación del municipio de Jungapeo. El 28 de febrero de 1956, el Congreso otorgó a su cabecera el nombre de "Jungapeo de Juárez".